Hacia la década de los años 1990, el sistema de transporte de la ciudad se encontraba al borde del colapso. Durante décadas se debatió sobre la construcción de una red de transporte metropolitano, pero nunca se contó con el apoyo del gobierno nacional, debiéndose descartar y aplazar varios proyectos de construcción de un sistema de tren metropolitano.
Finalmente en 1998 se inició un gran proyecto integrado de transporte masivo, la construcción de un sistema de Metro pero basado en vehículos articulados en vez de un tren eléctrico, debido a los costos y para poder construir una mayor cantidad de líneas, denominado como sistema TransMilenio (de Transporte Masivo del Tercer Milenio), que además contaría con servicios alimentadores a los barrios periféricos y algunos intermunicipales a los municipios metropolitanos.
El 18 de noviembre de 2000 se inauguraron las primeras dos líneas, la Troncal Caracas y la Calle 80. En la actualidad cuenta con 114 estaciones a lo largo de 9 zonas (7 líneas y 2 ramales), distinguidas por letra y color. El sistema cuenta con articulados que prestan el servicio Corriente, Expreso y Superexpreso. A principios de 2007 se planea la construcción de la fase tres del sistema en la Avenida El Dorado y la Carrera Décima. La línea de la Carrera Séptima ha sido puesta en duda recientemente y se buscan alternativas como que tenga un paso subterráneo o una línea de Metro, de Tren Ligero, de Tranvía o Aerobus que se pueda integrar al sistema ya existente.
Vista Interior del Portal de las Américas del sistema TransMilenio
Ademas de sus 7 Portales (estaciones terminales), cuenta con otras modernas estaciones como las de Banderas, General Santander, Ricaurte y la estación elevada de la Avenida Suba con Avenida Boyacá, entre otras, que cuentan con atractivas construcciones mayoritariamente en cristal, servicio de ascensores y puentes y tuneles peatonales. Se calcula que casi 1.500.000 de bogotanos usan el sistema TransMilenio a diario. El pasaje tiene un precio de $1.400 pesos colombianos.
Alameda y línea de la red de Ciclorrutas en el río Juan Amarillo, al noroccidente de la ciudad
Se ha construido además una red de líneas de Ciclorrutas de más de 300 km, que es la más extensa de Latinoamérica, para promover el transporte alternativo y reducir el uso del automóvil. Su uso ha aumentado gradualmente, aunque aún falta conectar varias de las líneas y crear redes secundarias, terciarias y completar los sitios de encuentro como está presupuestado. Cuenta con comunicación con el sistema TransMilenio gracias al servicio de Cicloparqueo, que no tiene ningun costo adicional y que se puede encontrar en las estaciones: Portal de las Américas, Portal del Sur, Portal de Suba, Banderas, General Santander, Mundo Aventura, Alcalá, Biblioteca Tintal y Las Aguas.
Más de 24.800 Buses y Microbuses de 66 empresas privadas prestan el servicio de transporte urbano, que sigue siendo la base principal del transporte en la ciudad. Los Buses, se dividen en dos servicios, Corriente (para los buses que tienen mas de 5 años de antiguedad y su pasaje tiene un precio de $1.000 pesos colombianos) y Ejecutivo (para los buses que tienen menos de 5 años de antiguedad y su pasaje tiene un precio de $1.100 pesos colombianos). Los Microbuses se dividen en dos tipos de vehículos, Busetas (el pasaje tiene un precio de $1.100 pesos colombianos) y Colectivos (el pasaje tiene un precio de $1.400 pesos colombianos).
El servicio ha mejorado en los últimos años con la adquisición de nuevos vehículos, pero aun circulan buses que llevan más de 20 años de circulación, generando una contaminación crítica y una sobre oferta caótica.
Igualmente se cuenta con un amplio, eficiente y notable servicio de Taxis, cuya flota también sufre la sobre oferta y supera la de ciudades como Nueva York. En la actualidad según encuestas es el servicio de mayor favorabilidad entre los bogotanos. El taxi también se puede contratar por horas. Es preferible tomar los taxis que prestan servicio a los hoteles o solicitar el servicio por teléfono. Es recomendable no tomar taxis en la calle, particularmente en la noche. Dentro del taxi, en un lugar visible para el pasajero, debe haber una identificación tanto del vehículo como del conductor y una planilla que indica las tarifas según la marcación de unidades del taxímetro, con su respectiva equivalencia en pesos ($). Los traslados desde y hacia el aeropuerto, los servicios prestados durante la noche y los días festivos y los que se solicitan por teléfono, tienen un recargo. Los viajes fuera del perímetro urbano tienen un recargo autorizado.
En la ciudad se pueden encontrar a través de la guía telefónica varias agencias de alquiler de autos. Para tener acceso a este servicio es necesario portar licencia internacional, pasaporte y tarjeta de crédito.
